住民税を納付書で納めていますが、年金からも天引きされています。

二重課税ではありません。原則65歳以上の方は、公的年金にかかる税額のみ、公的年金からの天引き（年金特徴）で納付していただいており、公的年金以外の所得（給与所得や不動産所得）にかかる税額は、納付書などで納付していただいています。